有关四祖幽居禅寺的荣衰兴毁的历史情况，遍查灯录僧史诸书，未曾发现有专论或简述资料记载。与此相关的则是仅从记述四祖道信大师生平行实的简史里，知有在唐贞观中，祖拒诏不赴京师，受到太宗的敬慕；百余年后，代宗李豫于大历三年（773）追封四祖“大医禅师”“慈云之塔”的谥号等二件事。两宋史不见此类记述。元代蒙皇室垂青，出赐官银，祖庭面貌也因之得以恢弘，在虞集关于五祖寺的碑记中能有见证。本篇中有关双峰兴毁的事据，来源极为有限。一是古本历代《黄梅县志》记载的两宋之际的石门文僧惠洪觉范之作《双峰正觉禅院涅磐堂碑记》，清康熙初年四祖寺方丈晦山戒显名篇《双峰山赋》。二是北宋鲁班亭石刻方碑和元代灵润桥拱内的建桥纪年石刻、1998年在禅堂旧址上出土的《四祖正觉禅堂碑记》古碑一通。三是建设工程中出土的地下文物遗存。这三个方面历史实物分别提供了四祖祖庭于宋元明清兴毁盛衰的概略和部分住持的建树行实。虽然资料内容零星杂乱，然而，毕竟提示一些查找的线索，填充某些时段史实的空白，弥足珍贵。
1995年冬，重辉工程大雄宝殿开基建设中，在地层的断面上，发现有三层地基夯土层的迭压构成，且出土大量的筒瓦、瓦当、滴水、脊吻、砖块，以及多种体形的石柱础、石磉墩等构件，考古人员定分属为唐宋元三代遗存物。确认四祖寺大雄宝殿（古称大佛殿）至少经历三建三毁，而且都是从基础上重新开始的翻修再造工程。同年初夏，黄梅县博物馆维修四祖墓塔毗卢塔施工时，在塔基散水坡土层深处，也发现唐宋筒瓦、瓦当、滴水多件。
惠洪的《双峰正觉禅院涅磐堂碑记》是为记述两宋之交住持仲宣祖意禅师率众重修涅磐堂而作。文中“……则知此堂，众檀成焉，所费缗钱，盖六十万”“常住僧众，同其调度”， “杂众工中，唱叫挽牵，十方之多，集者骈肩。叙多率众，二百九员……”可见当时四祖寺规模可观，常住僧众有200余人，都勉力参与施工建设。时间是“岁在丁未，建炎改元”，即南宋初始的建炎元年（1127）。
元代，止堂定禅师于大德（1297-1308）年间住持双峰。据《双峰山赋》记述：“……迄乎止堂，尤称杰出。法嗣东岩，光明宏硕。大启门庭，鼎新柱石。飞甍耀日，敞殿阁以嵯峨；画栋连云，映罘罳兮金碧。今窣堵以俨存，实功勋之罕匹。足见止堂禅师和嗣法弟子平川济禅师住山期间大有所为，寂后均塔于本山。至正年间（1341－136），住持祖意庭柏禅师募资，在龙头石崖上兴建了规模宏大的灵润桥和小巧的明月桥，至今飞架于山水之间。灵润桥的桥拱东壁刻有建桥时间为至元十年，檀施芳名约百余人众。明月桥内拱顶上镌有”大元后至元六年五月建造“等纪年。现石磴犹存的西山古道，由山下拾级而上，穿越灵润桥，蜿蜒而至山门，当属同期之作。
到了明代，省县志中均载有正德十四年（1519），四祖真身在移居的（不知何年）祖殿中”右手渐举、火从顶发，自焚其身，唯存舍利。“嘉靖中，梦感荆王铸金为像，重建祖殿。万历间又圯，蕲州籍御史王珙奉太皇太后懿旨重建，还在灵润桥南石壁署名题镌”天下名山“。在《双峰山赋》中有”……法幢为号，明初有再来之僧，道具宛然，成祖重隆恩之锡。嗣后几传，禅规寝息。幸我千华，乘大愿力。重辟禅堂，宏宣律日。彤文郁彩，引王公建祖殿于层霄；绣幕锦幡，从帝京留内宫之宠泽。设巨镬以接禅流，赎云庄而充香积。卓哉再造之功，伟矣中兴之绩。“文中”成祖重隆恩之锡“暂无所考。”从帝京留内宫之宠泽“恐为元英宗时恩赐官银一事之误载。而”幸我千华，乘大愿力……“之所指，在《四祖禅堂碑记》中即有较详的补述，明崇祯五年（1632），有三昧光律师，从蕲州来扫四祖塔，寺僧当时有四大房，都请律师主持道场之事。三昧寂光为律宗千华山派的创始人，天启（1621-1627）初年，受蕲州荆王朱慈烟之礼请，并且亲自送他住持四祖寺。三昧寂光律师是负有盛名的律宗大师，住黄梅十二年，总持黄梅四祖寺、五祖寺、老祖寺之事，黄梅佛教得以重振，佛寺宝刹为之一新。《四祖禅堂碑记》载：”三昧光和尚捐供资建山场，树木并塔窳；一天门石庵陈家旁稞田、庄屋；建千华方丈、客堂、云水寮、厨库、斋堂。“其嗣法高徒见月律师在其《一梦漫言》中，记述了途经黄梅亲见尊师功业的此段经历。
在三昧寂光律师之前，双峰还有戒初禅师在此住持。《禅堂碑记》中记载了戒初禅师的功业建树：”始为方丈，为云厨，为戒坛，为藏经楼，基为园圃，各有其界。又以其田为二时粥饭，居然成大丛席。“明末清初，战乱频仍，四祖寺香火冷冷清清。
顺治初，有蕲州僧人破一本庸住山。清顺治六年（1649），四祖寺僧众从江西云居山西泉寺，将隐居禅修的起高智浪禅师请来住持双峰，”辛勤八载，建方丈五间，普同塔院一所，又捐资150两置稞田14亩5分，并山场、地稞、水堰、庄屋“，香火为之一振。起公寂后，四祖寺僧众集黄梅、广济之善士，又请来云居山住持晦山戒显禅师主席双峰，”人皆视其为止堂定公而尊之“。他于本山多所建树，”一年而禅堂聿兴（建禅堂五间），二年而前池（开万公池）浩渺，三年而法侣云集。立《禅门锻炼说》，双峰禅风名贯江淮。“《云居山志？人物志》晦山师条目中也载顺治十八年（1661），师移住黄梅双峰，主持发展四祖道场，”师乃广弘教义，大阐宗风，名声于是益著，道风所向，天下响从，缙绅、士大大争相趋从，四方衲子分列门墙，全寺集僧几近千众。人称为‘四祖显’“。晦公在此完成法著《禅门锻炼说》，又新辟禅堂，坚持禅修日课，钳锤僧众。双峰祖庭的建设与道风，在此期间又振名于大江南北。
康熙六年1666晦公赴杭州住持灵隐寺，其继席法嗣石房镕公隐修于双峰石室，三年后举贤荐能，将云居山来的髯僧道纶溥禅师送上住持狮座。溥公住持四祖道场达20余年，展现了”正觉堂上大总持“的作为。他以”东西任使得其宜，内外安置得其法“，理顺了执事分工管理体系；以”春秋耕获得其时，堂宇修葺得其用“，将农禅作务安排有条不紊。”闻普梆，则先出而负其重者大者；闻禅板，则同衣而食其粗者粝者。皮骨挫而不忧，寒暑侵而不病。“体现他处处以身作则，身先四众，不以位尊而自居。他平时语言谨慎，不夸夸其谈。而当开堂说法、举扬宗风的时候，则是”智从根起“，大用现前，辩才无碍，理事圆融。令法众”爽然释然，云散翳开“，疑团顿释。见证了他的修持底蕴和戒行精严。道公恪尽职守，严持道风，随机度众，广结法缘。于是”因缘四至，随处显应“，积年募置田地达四百余亩，使香厨供斋有粮，日暮燃灯有油，藏经、供器及弥勒、韦驮、诸天金像梯航而来。楼阁殿宇，凌云蔽日。黄州主知府王辅赞叹四祖寺”较之元明两朝，森然异相矣“。双峰山下，钟声凛若钳锤。祖庭得以成等觉妙觉之场、法云善慧之地。康熙三十六年（1697）黄州知府率府州县官吏乡绅专程来此为之立碑表彰，知府王辅亲撰碑文曰， ”是开于大医，盛于止堂，自三昧、起高以及纶公，可谓集大成矣。“说明四祖寺在当时无论在规模、道风、社会影响、融洽王道诸多方面皆是出类拔萃，鼎盛华中的天下祖庭。
道纶溥公后有莪山密行、乾隆初有磬山第八世僧廓庵了微、其徒岚秀达俊诸师继席中兴。康熙后叶以降无记述。
从现有资料判断，清康乾年间是双峰四祖祖庭历史上又一个鼎盛时期，也是最后的辉煌。四祖寺珍藏有一块保存完好的木刻图版《四祖名山正觉禅寺胜境全图》，描绘了四祖祖庭盛况全貌，图上附有文字标示的大小殿阁计有二十余所，主体建筑有天王殿、大佛殿、祖师殿、观音殿、地藏殿、课诵殿、衣钵寮、钟鼓楼、大悲阁、慈云阁、法堂、藏经楼、禅堂、华严殿、半云庵、方丈室、毗卢塔、鲁班亭、衣钵塔等等，无标示者亦有多处，是此时期之宏观记录。
回首自唐以降，赖皇朝褒赐，名王护法，檀众共举，黄梅双峰四祖正觉禅寺从幽居寺时期的草庵茅蓬渐渐换成砖木宏构。以燕窝地的正觉禅院为中心，东起青龙岭，北至洪寺上，西达罗家垸，殿阁堂寮，庵舍桥塔，循坡就岭，棋布八里。入宋，四祖寺已成甲冠五山、位居州首的名蓝甲刹。据《扶桑五山记》和《汉禅刹次第》二书中列举由钦定的全国34所甲刹中，黄梅的四祖正觉寺和五祖真慧寺就同列其中。
然而自清咸丰四年（1845）冬，四祖寺首遭的兵燹摧焚空前浩劫，殿宇毁坍过半。此后百年，纵赖诸中兴祖师惨淡经营，无奈朝政腐败，外患内忧，战祸频仍，民生凋蔽，法难连连，建少毁多。昔日宏规，无复重振。1923年，太虚大师来到黄梅在五祖寺和老祖寺各住了一夜，作了两篇演讲，却只字未提四祖寺，说明当时四祖寺已经衰落至极，不值得一提。土地革命期间，四祖寺一度是苏维埃驻地，被国民政府定为”清剿“的重点目标与屯兵搜山的兵营，袭扰十余载，损毁复加。继而又是先以”抗日“、后以”清剿“为名，于县城、大河、王枫、濯港建碉堡，修工事，寺院建筑砖瓦梁柱屡遭”征用“，四祖寺首当其冲。至解放前夕，所剩殿舍不足三分之一。新中国成立后，全县山区寺庙均改作国营林场作业队驻地，四祖寺也充作公用，恣意拆改，面目全非。十年浩劫，”破“祸尤烈，佛像全部摧毁，村民历难百般护藏数百年的明代荆王铸造的四祖铜像亦被查出，砸为废铜卖掉。林场留作生活用物的法台法具以”破四旧“之名一砸无余。寺外三所塔林中的高僧墓塔数十座全被推倒。仅有毗卢塔、鲁班亭、衣钵塔、灵润桥幸免于难。而寺内祖师殿、慈云阁、观音堂因为林场住宿和村办小学需要未遭毁损，但其檐柱各处的雕花构件被作”四旧“拆除殆尽。此后，空旷的昔基废墟尽辟为果园、菜地。至1994年，农耕种植已历数代，未垦之处则灌莽丛丛。仅有历劫幸存数株古柏，见证此地是天下祖庭圣址。虽枝疏叶萎，但于二十世纪八十年代中期竟然奇发新绿，日见蓬勃，尤以祥云凤柏最显殊胜。当地耆老额手相庆，谓此乃祖庭重辉指日可待之吉兆。
进入改革开放新时期，拨乱反正，百废待兴。距此不过五十余里的五祖寺劫后余生，从1980年起经由各级政府的扶助，昌明禅老的运作，举废启颓，鼎新柱石，钟鸣板响，信众云至，1983年就被认定为中国汉地佛教重点开放寺院。相比之下，四祖寺凄冷萧条，不堪瞩目。期间虽有海外游子、高贤名流建言献策，县领导也企望恢复建设西山旅游区，几经筹划，但终因工程浩大，筹款无着而难以成事。
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