2003年中秋佳节凌晨，曙光初露，净慧法师继席黄梅四祖寺，荣升方丈狮座。鄂、冀二省的统战部、民宗委领导、湖北宜昌市、黄冈市的党政领导和省佛协、县市佛协、六大祖庭诸山长老暨京、津、冀、豫、鄂、粤、港、琼诸省市和海外善信四众共约2千余人参加盛会，在庄严的梵呗经咒声中，净慧法师庄严晋院，循山门、天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿、祖师殿、伽兰殿顶礼诵偈。本焕老和尚、佛源老和尚在法堂门前迎送净慧法师登堂升座。净慧法师诵偈表达对本老的崇敬感恩和不负重托的决心。
古刹中兴百岁翁，功成身退见高风；自愧无德登狮座，宵旰难忘报祖宗。
净慧法师继席升座四祖寺，了却了本焕老和尚的夙愿，只有这位同门师弟接替他荷担这份来之不易的如来家业，才是最理想的人选，他才能放心退居。
此时，净慧法师已经是身负河北省佛协会长的领导重任，身兼多所历史名刹的住持。除了四祖寺经本老五年操劳重现宝坊庄严之外，其余都是期盼募资重建。尤以当阳玉泉寺，是天台宗智者大师的开山祖庭，其中度门寺又是禅宗北宗神秀大师的开法宝所。百废待兴，重之又重。在这千头万绪振兴佛祖家业的大任面前，他八风不动，泰然运筹。他以敏锐的目光、高尚的人格魅力，朝惕夕励，计虑缜密，作本份事，克尽职守。他一只手抓好重修寺院净资的募集、施工的进度与质量，以及不可或缺、齐头并进的道风建设。另一手还要兼顾日常教务的方方面面，弘法利生。
2004年2月，农历正月十五日，净慧法师在做了一番调研与实勘基础上，作出了“建设大四祖”的初步构想。从道风建设到环境整治，而且以此为基础，在实施过程中充实、修正、完善。
本老重辉的重点是古刹殿阁堂寮的原址废墟上的重建工程，其规模、外观、布局、实用确已达到“湖北第一流，全国不落后”的预期目标。但因时间紧迫，难以顾及寺院外围和与祖庭历史密切相连的塔亭桥庵等古遗存的整理、修复与再造。净慧法师义不容辞继续这一重任，为祖庭西山增华添彩。
从2004年5月至今，四祖寺在净慧法师带领下，又迈出了新的步伐，续建了卧佛殿，新建了双峰讲堂慈云阁。还整修美化了周边环境，硬化了大小停车场，免费泊车；开拓了朝圣石台阶；扩宽硬化了 “本公路”，将寺院‘法洞和芦花庵联成一体；树立了慈云石坊，平整扩大了毗卢塔院，新建传法洞堂舍；重建芦花庵和紫云山老祖寺；又将四祖寺所有破损、漏水的琉璃瓦屋面全部更换为能抗御冰雪的黑色陶瓦。从而使山门内外，相映增辉。
与之同步，净慧法师对道风建设、僧团建设和弘法利生亦紧抓不放。
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