元（1271—1368）

◎　至元（1279--1294）与元贞（1295-1296）年间，西山明禅师住持法席，豫章元熙至此祝发。
◎　大德年间（1297-1307），止堂定禅师住持双峰，多有建树。在清康熙丁丑（1697）《四祖禅堂碑记》对其评述甚佳。
◎　止堂定公示寂之后，其徒云谷兴与平川济，各掌一房，四祖寺自此始分为二房。
◎　英宗至治二年（1322），四祖、五祖真身从蕲州府回山，御敕四祖谥号“妙智正觉禅师”，授时任住持平川济以伽黎紫衣袈裟之赐；又出宫银万缗，半修塔庙，半燃长明之灯。翰林院大学士虞集撰《敕赐黄梅重建五祖禅寺碑文》中记述此节。
◎　顺帝至顺二年（1333）敕改正觉禅院为正觉禅寺。
◎　后至元六年（1340）住持祖意庭柏禅师于西涧上建明月桥。至正十年（1350），又于幽黛河出水口石龙头上建灵润桥。
◎　元代大将军赵国宝朝礼毗卢塔，其诗作 “一层石塔一层云，塔外松筠数万根，大圣至今身不坏，游人如见佛长存。”见证四祖真身在至元年间仍安住塔中。
◎　元末，邑人都督於显聚乡民在双峰山大小二尖建砦，以御元兵。